A CRUZEIRO DO SUL acredita no princípio de que uma universidade não existe sem pesquisa. Em acordo com essa filosofia, investe em programas institucionais que visam o desenvolvimento da pesquisa docente e discente.  A Universidade conta com Fundo Institucional de Apoio à Pesquisa, composto por cinco programas: de Pesquisa Docente, de Bolsa de Iniciação Científica (PIBIC - CRUZEIRO DO SUL e CNPq), de Capacitação Docente, de Qualificação Docente, de Captação de Recursos e de Bolsas de Iniciação à Docência (PIBID). Entre as Universidades particulares do Brasil a Universidade Cruzeiro do Sul possui posição de destaque, conforme resultados apresentados no link indicadores de qualidade.